Erste Erwähnung 886 als hovwenowa, gegen 1167 erstmals nachweisbar urkundlich als vuenowe in einer Aufzählung von Besitztümern des Klosters Schlüchtern in einer Urkunde Herolds von Hochheim, dem Bischof von Würzburg (1165-1171). Eine weitere urkundliche Erwähnung erfolgt 1376 in einem Lehensrepetitorium des Klosters Schlüchtern als latinisiertes "ubena".
1534 erfolgt die Nennung in einer Lehensurkunde als Auffenaw. Ab Anfang des 17. Jahrhunderts dann fast ausschließlich in der heutigen Form Aufenau.
Aufenau liegt an der ehemaligen Reichsstraße von Frankfurt nach Leipzig, die im Mittelalter wichtigste Verbindung nach Mitteldeutschland ist. Reste dieser Straße sind heute nur noch mit ortskundiger Führung auszumachen.
Im Dreißigjährigen Krieg wurde Aufenau mehrfach Opfer von Plünderungen und Besetzungen. Im Jahr 1646 versuchten die Bewohner Aufenaus sich der ständigen Überfälle zu erwehren, über den Erfolg ist nichts bekannt.
Zwischen 1680 und 1683 kam es zu einem Kirchenstreit in Aufenau, der zwar bis in die Reichsstände ausgefochten wurde, jedoch ohne Folgen blieb. Aus dieser Zeit ist die strenge konfessionelle Trennung des Dorfes zu verstehen, die bis ins 20. Jahrhundert anhielt.
Ab 1764 wurde die Landstraße von Frankfurt nach Fulda, die durch Aufenau führte, als eine der ersten Straßen in Hessen zu einer Chaussee ausgebaut. In Aufenau wurde hierzu die Straßenführung um die Kirche geändert und eigens eine entsprechende, heute noch sehr gut erhaltene Stützwand gebaut, um die noch heute geltende Straßenführung zu ermöglichen. Hierzu wurde der damalige Friedhof entfernt, der Hügel hinter der Kirche angeschnitten und eine aus Mauerwerk erstellte Stützwand errichtet. Die Straße wurde statt durch die heutige Marienstraße nun direkt an der Kirche vorbei geführt. Die enorme Breite der Straße galt damals als Sensation. So trug die Landstraße auch zu einer merklichen Entwicklung von Aufenau bei.
1807 wird Aufenau durch den Frieden von Tilsit dem Königreich Westphalen zugeschrieben.
Auf dem Rückzug von der Völkerschlacht bei Leipzig Ende Oktober 1813 durchfluteten französische Verbände Aufenau, schleppten Fleckfieber ein und plünderten die Kirche und diverse Höfe.
1866 wird Aufenau durch die Annexionen Preußens nach dem Preußischen Krieg in Hessen-Nassau eingegliedert und damit preußisch.
Der Erste Weltkrieg ging nicht spurlos an Aufenau vorüber. So wurde durch die Rohstoffknappheit im Reich das Glockengeläut der Kirche abgeholt, lediglich eine kleine Glocke ließ man für Gottesdienste etc. zurück. Im Herbst 1918 forderte die Spanische Grippe in Aufenau sehr viele Todesopfer.
Zwischen den Weltkriegen wurde die Hauptstraße (heutige Frankfurter und Leipziger Straße) zur Reichsstraße 40 umbenannt und wurde damit für über 50 Jahre wichtigste Straße zwischen Fulda und Frankfurt.
Gegen Ende des Zweiten Weltkriegs geriet Aufenau durch die Nähe zur Kinzigtalbahn und die Nähe zu militärischen Anlagen wie die Kaserne der Panzerabwehrabteilung 9 in Gelnhausen und dem Fliegerhorst Rothenbergen immer mehr ins Visier alliierter Jagdbomberangriffe. Dabei wurden trotz Verbot gemäß der Haager Landkriegsordnung auch Bauern bei der Ernte unter Bordwaffenfeuer genommen. Am 27. März 1945 schossen amerikanische Tiefflieger ein Wohnhaus und eine Scheune in Brand, wobei das Wohnhaus schwer beschädigt und die Scheune zerstört wurde. Die vorrückende Westfront erreichte an Ostern 1945 Aufenau. Die 3. US-Armee unter General Patton rückte von Hanau mit Hauptstoßrichtung Vogelsberg vor und traf auf die Reste der 7. Armee unter General Hans von Obstfelder, die sich mit den Amerikanern im Raum Main-Kinzig und Vogelsberg im März und April schwere Abwehrkämpfe lieferte. Nach der letzten Panzerschlacht auf der Spielberger Platte griff am Karsamstag die amerikanische Artillerie Aufenau an und beschädigte den Ort schwer. Vorrückende gepanzerte Spähfahrzeuge wurden am Morgen des Ostersonntag von verschanzten deutschen Soldaten beschossen, daraufhin wurde schweres Artilleriefeuer auf Aufenau gelegt. Einigen Dorfbewohnern ist es durch ihren beherzten Einsatz zu verdanken, das die verbliebenen deutschen Soldaten ohne weiter Widerstand zu leisten sich über Nacht absetzten und der Ort daraufhin von den Amerikanern kampflos besetzt werden konnte.
Nach der Besetzung wurden Soldaten der U.S. Air Force, die die Fliegerhorste in Rothenbergen und Gelnhausen inspizierten, in Aufenau einquartiert. Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs wurden 316 Heimatvertriebene in Aufenau untergebracht, von denen 252 in Aufenau eine dauerhafte Heimat fanden.
Mit dem Wirtschaftswunder der 50er Jahre wurden die Strecke von Fulda nach Frankfurt immer wichtiger und somit die Straßenführung immer weiter ausgebaut. Bis zum Bau der A 66 wurde die B 40 durch Aufenau wichtigste Verbindung aus dem Rhein-Main-Gebiet nach Osthessen.
Aufenau hat eine Mehrheit der CDU im Ortsbeirat. Der derzeitige Ortsvorsteher ist Hans Mitzinger (CDU), sein Stellvertreter ist Benno Waigand (CDU). Politische Verhältnisse siehe Diskussion.
Zur Blasonierung des Wappens: Auf blauem Untergrund eine goldene Wolfsangel überhöht von einem Adlerkopf, beseitet von acht goldenen Schindeln und links oben ein Ordenskreuz. Der Adlerkopf ist zum einen eine Anspielung auf die Vorkommen von Seeadlern, die bis in die frühe Neuzeit in der Kinzigaue zu finden waren, zum anderen ist der Adler ein Symbol der adeligen Macht. Die Wolfsangel war ein bis ins 10. Jahrhundert anzutreffendes Gerät zur Fallenjagd von Wölfen, die es ebenfalls in den dichten Wäldern verwendet wurde. Das Ordenskreuz soll wahrscheinlich auf die Teilnahme an einem Kreuzzug hindeuten, was aber bisher unbestätigt ist, da es hierüber kaum Informationen gibt. Die Schindeln stehen höchstwahrscheinlich für die einzelnen Besitztümer der Forstmeister bis 1503. Anderen Quellen zufolge für die Nachkommenschaft.
Die Forstmeister von Gelnhausen waren Ministeriale, die als Unfreie im Dienst des Kaisers bzw. des Klerus in der Reichsstadt Gelnhausen standen. In Kinzighausen, einer Insel in der Kinzig unweit von Aufenau, war ihr Sitz zu finden. Offensichtlich hatten es die Herren von Kinzighausen zu recht ansehnlichem Wohlstand gebracht, da sie den Bau der Marienkirche unterstützten und sie als eigene Grablege nutzten. Im 16. Jahrhundert kam es immer wieder zu Zwistigkeiten mit den benachbarten Grafen bzw. später Fürsten von Ysenburg in Wächtersbach, denen die reichen Ministerialen südlich der Kinzig ein Dorn im Auge waren - zumal Wächtersbach nicht über eine eigene katholische Kirche verfügte, sondern die von Aufenau mitbenutzten musste. Wächtersbach zwar eine der ersten protestantischen Gemeinden war, aber sehr spät eine eigene katholische Kirche besaß. Als Hauptgrund wird in historischen Quellen angeführt, das der Weg nach Aufenau von Herbst bis zum Frühjahr durch die Kinzighochwasser nicht mit Kutschen oder Pferden zu benutzen war.
Das Wappen der Forstmeister von Gelnhausen wurde per Beschluss am 10. Oktober 1964 als Gemeindewappen übernommen, um die enge Verbundenheit Aufenaus mit der Familie Forstmeister auszudrücken und danach vom Hessischen Innenministerium bestätigt.